开源LIMS系统miso LIMS(适用于NGS基因测序)

开源地址

https://github.com/miso-lims/miso-lims
github加速可使用:https://kfqbvpat.fast-github.tk/—–https://github.com/miso-lims/miso-lims

项目简介

适用于NGS基因测序医院检验实验室,当前大量的新冠核酸检测机构,倒是可以试一试。
开源协议是GPL3.0。
MISO是Managing Information for Sequencing Operations的缩写,是适用于基因测试实验室的LIMS。
由 Earlham Institute 和 Ontario Institute for Cancer Research发布。
Earlham Institute 2010年开发,然后开源,然后OICR选择其作为自己的LIMS,并参与到开发团队中,系统提供的DEMO等也是基于OICR LIMS项目。

技术架构

后端服务使用Java,Groovy(使用JVM虚拟机的动态语言,项目中用于公式脚本的编写等配置性功能的实现)。
使用spring,并没有使用springboot,部署war包可使用Tomcat 8等中间件部署。(Tomcat8以上版本的兼容性需要测试验证调整)
前端使用js\css,未使用vue、react等现代前端技术。
数据库使用mysql 5.7及以上。(5.7以上版本的兼容性需要测试验证调整)

安装部署

可以使用docker部署,或使用传统的Tomcat中间件部署。
docker镜像下载地址:https://hub.docker.com/u/misolims
war包下载地址:https://kfqbvpat.fast-github.tk/—–https://github.com/miso-lims/miso-lims/releases
尝鲜可先下载官方docker镜像跑个容器看看,深入学习还是要下载war包并部署,最终如果部署自己的环境,可打war包或做docker镜像。
安装、编译向导:https://miso-lims.readthedocs.io/projects/docs/en/latest/admin/installation-guide/

系统概述

两个功能模式:Plain sample mode (简单样品模式) 和Detailed sample mode(详细样品模式),detailed模式包含了plain模式。
默认账号信息:admin\admin。
简单样品模式用户手册:https://miso-lims.github.io/walkthroughs/index-plain
详细样品模式用户手册:https://miso-lims.github.io/walkthroughs/
demo演示、学习(按习惯称作miso学院\味噌学院):https://github.com/miso-lims/walkthroughs
https://oicr.on.ca/该癌症研究机构为学习案例,培训资料(training workshop)链接地址:
https://kfqbvpat.fast-github.tk/—–https://github.com/miso-lims/miso-training-external。

开发或用户可加入讨论组(当然得英文讨论),https://gitter.im/miso-lims/community

关键组件

仪器数据采集(仪器报告文件数据采集)

https://github.com/miso-lims/runscanner
https://kfqbvpat.fast-github.tk/—–https://github.com/miso-lims/runscanner
同多数lims系统解决方案一致,部分仪器(例如Illumina、PACBIO、OXFORDNANOPORE)的数据采集方式是通过采集仪器输出的数据报告文件,然后解析其中的内容,间接达到采集仪器数据的目的。
使用JDK11和Tomcat8、9,jsoncpp和c++。
该仪器数据采集服务做得很完善,不同于其他lims组件或一个Windows服务、简单应用程序,其实现为一个web系统,做数据文件的采集、解析,以及过程的监控。
监控使用 Prometheus,现在服务器、数据库等的监控使用 Prometheus很不错。

赛默飞VisionMate读码器TCP/IP接口访问

https://kfqbvpat.fast-github.tk/—–https://github.com/miso-lims/visionmate-client
赛默飞的VisionMate高速读码器的TCP/IP客户端,Java实现。
《开源LIMS系统miso LIMS(适用于NGS基因测序)》

    原文作者:马洪彪
    原文地址: https://www.cnblogs.com/mahongbiao/p/16298163.html
    本文转自网络文章,转载此文章仅为分享知识,如有侵权,请联系博主进行删除。
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